内参基因(您的qPCR内参选对了吗?)

2022-07-22 21:35:13 发布:网友投稿
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内部参考基因(你的qPCR内部选举对吗?)

实时荧光定量PCR技术是在常规PCR的基础上,加入荧光标记探针或相应的荧光染料来实现其定量功能。由于其较高的准确性和灵敏度,已被广泛应用于分子生物学研究和医学研究,尤其是基因表达差异分析。基因表达差异分析一般是比较特定基因在不同时间空样本或不同治疗样本(药物治疗、物理治疗和化学治疗等)之间的表达差异。).

当检测到一个基因的表达上调或下调时,我们不知道这种表达的差异是由于自身表达水平的变化,还是由于样本量或操作导致的RNA丢失等其他原因导致的表达水平的变化。为了减少实验偏差,产生准确的表达水平,RT-qPCR往往需要考虑几个变量(如操作误差或RNA提取量、产量和变异等)。)进行规范化。目前,RT-qPCR标准化最常见的方法是使用内部参考基因进行同质化。

什么是内部参考基因?

理想情况下,在不同组织的所有样品中,在不同实验处理的所有发育阶段和反应中,内部参考基因应该具有相对稳定的表达水平。内部参考基因通常是各种看家基因,如ATCB、GAPDH、β-肌动蛋白、18S rRNA等。它们的表达水平受环境因素的影响较小,几乎可以在生物的所有组织和所有生长阶段中连续表达。在不同的组织中,看家基因的含量是丰富的。

内部参考基因的功能

在基因表达差异分析中,可以利用内部参考基因来修正采样量和采样过程中存在的实验误差,保证实验结果的准确性。通过检测每个样品的内参比量,可以用来修正采样误差,使定量结果更加可靠。一般应选择在治疗因素作用下表达不会改变的基因作为内参考。

理想的内参照基因应满足以下条件:

1.没有假基因来避免基因DNA的扩增;

2.高或中等表达,不包括低表达;

3.在不同类型的细胞和组织(如正常细胞和癌细胞)中稳定表达,且其表达水平相似,无显著差异;

4.表达水平与细胞周期和活化无关;

5.其稳定表达水平与目的基因相似;

6.不受任何内源性或外源性因素的影响,如任何实验性治疗措施。

内部参考基因的评估

然而,有证据表明,一些用于控制实验偏差的传统内部参考基因仅在特定条件下具有相对恒定的表达水平。显然,内参考基因具有一定的特异性,目前还没有通用的内参考基因可以用于所有实验的内部控制,这也说明在RT-qPCR实验前必须正确选择内参考基因。然后,在选择内部参考基因时,我们可以通过geNorm、BestKeeper、NormFinder、RefGenes等工具进行评估。,这是保证结果可靠、准确的前提。其次,通过qPCR实验可以进一步筛选候选的内部参考基因。首先选择在不同样本中稳定表达的内参照基因,即比较每个样本中Cq值的平均值和Cq值的标准差,选择SD最小的基因作为实验内参照。

你现在知道内参基因的选择了吗?

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