南京南站行李寄存处在铁路候车室和汽车客运候车室内，属于自助的行李寄存柜。旅客如需进入候车室寄存行李，必须遵守站方的安全规定需要先经过安检进站。
南京南站进站后上楼有自助寄存柜，在南广场西出口的左侧。
另外，南京南站汽车客运站的行李寄存处也设置于候车室内，根据储存格子的不同大小分别需要不同的价钱，有3元、5元/12小时。
