蛋白组学分析（蛋白质组学研究，这篇够经典！）
蛋白组学剖析（蛋白质组学研讨，这篇够经典！）
作者：盛师傅
今天教大家用蛋白质组学文章，从技巧上轻松灌水博士毕业神刊oncotarget(发文章除了自身程度外，也看很多其他的的方面，懂的都懂)。
在正文开端之前，推举蛋白质组学的一本书和一篇综述，书是冷泉港蛋白质组学试验手册，合适完整不懂零基本的开端学，综述是chemical review（影响因子有40多，化学类第一高）上的Protein Analysis by Shotgun/Bottom-up Proteomics，合适有必定基本的看。
好了，现在开端正题，什么是蛋白质组学，Proteomics includes not only the identification and quantification of proteins, but also the determination of their localization, modifications, interactions, activities, and, ultimately, their function。
我们重要讲的就是identification and quantification of proteins，这就引出了两类文章，第一种是尽可能多的鉴定细胞或组织中一切蛋白质，这一部分跟剖析化学有关就不多讲，第二种是差别蛋白质组学，通过寻找各种因素引起的蛋白质表达差别，以说明细胞生理和病理机制。
从医学角度来看，蛋白质组学全部试验流程简略易懂。第一步，不同组织或细胞样品间的蛋白质的分别，第二步蛋白质鉴定、定量，找出有明显表达差别的蛋白。第三步，在此基本上选定蛋白进行验证，最后生信剖析（如下图）。
其中分别有两套不同的流程，第一个是top-down(直接分别蛋白质），重要技巧是二维电泳（不推举，很麻烦）。第二个是buttom-up（分别蛋白质酶解后得到的多肽）,重要技巧是LC。
今天要讲的是top-down资源网，文章发在oncotarget上，标题如下
Identification of protein clusters predictive of tumor response in rectal cancer patients receiving neoadjuvant chemo-radiotherapy
背景什么的就不说了，速读摘要看具体怎么做的。
1. 通过比拟差别蛋白表达找出一个生物标记物来预测疗效好坏。
2. 依据疗效来设置3个组比拟差别表达蛋白，用双向荧光差别凝胶电泳(2D-DIGE)来进行分别定量。
3. 通过2D胶图象剖析软件找出30个明显差别表达的蛋白质点，其中16个点的表达在TRG1-2 vs TRG3有明显差别，14个点的表达在TRG1-2 vs TRG4有明显差别。作者用这里的30个点作为参数降维进行主成分剖析，发明不管是TRG3还是TRG4与TRG1-2都可以很好的离开。
另外还剖析了30个点在正资源网常与癌症组织中的表达情形。
比较发明377、471、683和684四个蛋白质点的表达在TRG3 和TRG4 vs TRG1-2均有明显差别。471、683和684资源网三个点在正常与癌症组织中表达有明显差别。
4.将蛋白质点酶切成多肽，用nano-lc分别后用生物资谱鉴定蛋白质。
5.将鉴定出的候选蛋白质用另一批病人来验证，最后用STRING进行了蛋白相互作用剖析。
该文思路简略，分别-鉴定-验证剖析，是一篇经典的运用二维电泳来进行差别蛋白质组学剖析的文献，值得参考。
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