玛瑙常呈乳房状、蜂窝状、结核状、葡萄状、块状、皮壳状、团块状、钟乳状等结构为主；其所含杂质种类多寡又分为条带状、同心环状、树枝状或云雾状，玛瑙石有自然色的，也有后加工做色的。玛瑙的自然色很丰硕常见的有如下几种色彩：红色、白色、灰色、紫色、蓝色、绿色和棕色为最常见，黄色、黑色、及其他色彩亦有。后加工做色一般是染色和加温变色，玛瑙一经加温就会转成红色，因为中国人爱好红色，就像南红与战国红，加温是许多商家的常用做法，但不添加化学药剂。
