要回答题主这个问题，首先我们得清楚“现代科学”的概念，通常认为从19世纪末期开始进入了现代科学发展期，物理、生物、化学等自然科学领域的研究深度和广度都有了质的变化。所以，要回答“现代科学是怎样解释生物如何进化的”，需要从19世纪末期以来分不同阶段的不同解释来详说。

达尔文到19世纪前

我们都知道，1859年达尔文《物种起源》一书问世，这一学说重重打击了当时生物学界占统治地位的“神创论”和“物种不变论”，它认为现存的生物都有着共同的祖先，地球上最初的生命是由非生命物质发展而来。在进化过程中，生物经历了从少到多、从低级到高级、从简单到复杂的演变过程，生物进化适者生存。

但是一经提出，进化论就遭到了“神创论”研究者的讥讽和质疑，在与神创论的不断斗争中，进化论坎坷发展，这期间有赫胥黎与宗教神学之间就“人猿同祖论”展开的牛津大论战，还有海克尔创立的“发生学”和“生物进化系谱树”，这些人被统称为“达尔文学派主义者”，也是最早从科学角度解释生物进化的科学家。

20世纪初期到中期

进入20世纪，诞生了“新达尔文主义学派”，他们辩证的推进了进化论的主张。达尔文认为，生物的变化是个渐变的过程，但是新达尔文主义学派的研究者们在实验中发现了骤变进化这种进化方式，它成为达尔文进化论学说的补充。

新达尔文主义学派的另一个贡献更为重要，他们提出了基因论，在一定程度上表达了生物遗传变异的机制，基因论的关键在于它将后来人们的研究引入到了细胞实验方面。但是，他们的研究还是在于个体的进化，而没有将目光放在种群/群体这个范畴内，所以还是存在一定局限性。

因此，到了20世纪30年代，从群体遗传学角度解释进化机制的学说兴起，其中以遗传学家杜布赞斯基的《遗传学和物种的起源》最具有代表性。在此基础上，人们开始从种群的角度重新认识达尔文的自然选择说，产生了“现代达尔文主义”。现代达尔文主义用自然选择模式的概念解释了生物适应性和多样性的问题，还开始利用群体遗传学原理研究进化机制，这为之后的进化论研究来说是个重要贡献。

20世纪中期至今

利用遗传学角度进行研究时，学者们发现了不少与进化论不相符的现象。比如，人类和猿的染色体数不同，人有46条染色体，而猿类比人多两条，而且人的染色体比类人猿染色体的进化程度低，这种差异让人们意识到，基因与染色体数目存在差异却能产生相似的遗传和形态特征。而且，从染色体的进化程度上来说也有悖于进化论所说的从低级到高级的发展过程。

此外，依据形态相似性绘制进化路线的做法也受到了质疑。这些新的发现都与达尔文所说的进化论相背离，但是并非完全摒弃进化论，现代达尔文主义至今仍然是有确切科学依据的学说。

而且，物种、进化、演化、基因、基因突变、遗传漂变、基因迁移、选择等概念，也还是解释生物进化的基本概念。

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