imagej细胞计数（ImageJ使用教程之自动细胞计数篇）Imagej细胞计数(ImageJ教程中的自动细胞计数)

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在之前的文章中，锐刃君为大家分享了ImageJ软件，有需要的朋友可以戳一下研究人员必备的图像处理软件——ImageJ软件来分享和查看细节。在这里，锐刃君为您带来了第一个关于如何使用ImageJ的教程。在进行细胞实验时，手工计数细胞是一项极其枯燥和耗费精力的工作。我们来看看如何使用ImageJ实现细胞自动计数，解放双手。

自动细胞计数

一

导入图像

打开要处理的图像。这里，我们以DAPI免疫荧光染色照片为例。如下图所示。

点按“文件”>“打开”>“打开准备好的图像”，或者将图像直接拖到菜单栏以打开它。如下图所示。

-呃...

将图像转换为8位

首先，需要将图像变成黑、白、灰三色图像，便于后续细胞的识别。

点击图像>类型> 8位，图片会变色。

三

调整阈值，移除背景，并选择单元格。

①点击图像>调整>阈值调整阈值，主要是选择单元格区域；

(2)因为剑王在这里选择了B&W(黑白)，所以图像中的黑色区域就是选择的区域，可以在这里更改。如果变为红色，则红色区域为选中区域；

③另外，我们发现Threshold窗口中有两个调整框，我们可以通过左右拖动调整框中的滑块来调整所选区域。原理是尽可能包含所有细胞，去除背景中的杂质。

④拖动后点击应用，设置阈值。

-四...

填补原子核的空空白

在调整阈值降低背景的同时，有可能细胞的一些不均匀部分也被削弱。此时，需要进行空间隙填充，使细胞变成实心球体，使自动细胞计数的结果更加可靠。

单击处理>二进制>填充孔。如果单元格之间没有空间隙，则无需执行此步骤。

吴

打破核的重叠部分。

当细胞密度相对较高时，通常会出现细胞重叠或相互靠近的情况。它会导致软件识别两个粘在一起的细胞为一个，所以我们需要使用分水岭来自动识别重叠的部分，然后将两个细胞分开。

单击进程>二进制>分水岭。这时，你可以看到粘附的细胞已经分离。

陆地

颗粒的自动分析和计数

点击【分析】>【分析粒子】打开【分析粒子】界面，根据不同的处理图像设置不同的参数。

尺寸:0.05-无穷大-指尺寸大于0.05(必须注意这里的单位是英寸)达到无穷大的粒子。(可以根据单元格大小和结果进行更改。)一般可以通过选框工具选择最小的单元格，点击分析>测量，看一下它的大小。如果我们显示此处的面积为104，我们可以将大小设置为90-Infinity。

圆度:0.00-1.00-指圆度，可根据单元格的形状进行调整。1.00是标准圆，一般只受Size限制。

show:overlay-指将显示分析结果的原始图片的轮廓。

边缘排除-不计算边缘的粒子。

设置完成后，点击确定，出现如下结果。结果窗口显示细胞的计数和每个细胞的面积，总共162个细胞。

此外，我们可以检查原始图片中是否有缺失或多选的单元格，如果有，我们可以返回到大小设置页面重置阈值并再次进行统计。

以上是锐缘君带来的用ImageJ软件自动计数细胞的方法，需要注意的是，自动计数的结果并不是绝对准确的。我们应该根据自己的经验优化参数设置，使结果更加可靠。

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